本团队围绕水稻产量、品质、抗性等重要农艺性状，在籼粳交杂种优势利用基础研究、稻米品质形成的分子生物学基础研究、水稻抗性分子生物学基础研究、直播相关性状的分子生物学基础研究等方向开展工作，挖掘重要基因，研究基因功能，阐明重要性状形成的分子基础。将分子育种与常规育种相结合，创制新种质，培育高产、优质、多抗、广适性的水稻新品种。
本单位固定人员共18人，包括教授4名，副教授7名，讲师3名，科研辅助人员4名，其中长江学者特聘教授1名，高层次引进人才1名，全国百篇优秀博士学位论文获得者1名，教育部新世纪人才1名，南京农业大学钟山学术新秀3名。现有在读博士研究生36名，硕士研究生41名。十一五期间，毕业博士研究生63名，硕士研究生70人，其中3名获得全国优秀博士学位论文提名奖，4名获得江苏省优秀博士学位论文奖，3名获得江苏省优秀硕士学位论文奖。
本课题组是作物遗传与种质创新国家重点实验室的一部分，同时建设有农业部长江中下游粳稻生物学与遗传育种重点实验室、杂交水稻产业提升协同创新中心、江苏省植物基因工程技术研究中心。在南京江宁土桥和海南陵水建有200多亩育种基地和50多亩南繁基地。
在科研过程中团队创新能力增强，获得较好的研究成果。克隆水稻重要基因28个，培育新品种8个，其中宁粳1号、3号、4号被评为超级稻品种，1号和4号被评为超级稻主导品种，得到大面积推广应用；获发明专利28项；在Nature、Nature Biotech.、Nature Commun.、Developmental Cell、Plant Cell、PNAS等SCI刊物发表论文149篇，其中影响因子>9的为13篇，出版专著1部。获国家科技进步一等奖1项、国家技术发明二等奖1项。团队负责人2012年获何梁何利科技进步奖。
在推进水稻分子遗传改良技术体系建设方面，完善了籼粳交分子设计育种体系，有效促进了籼粳杂种优势利用。培育的籼粳交新组合结实率在85%以上，有效解决了籼粳交杂种低育性的难题。通过聚合光钝感和广亲和基因，培育出籼粳广适恢复系W107，组配的协优107和Ⅱ优107分别通过国家和省级审定。2006年协优107在云南省永胜县亩产达1287公斤，刷新了世界水稻亩产新记录；建立了水稻高产优质多抗分子育种技术体系，培育出宁粳1号等系列高产优质抗病粳稻新品种。利用分子聚合育种与规模化抗性鉴定技术体系，筛选高抗种质212份，选育出抗病高产优质系列新品种，有效解决了南方粳稻区条纹叶枯病流行危害的难题。宁粳1号累计推广2000多万亩，2007年-2008年连续两年居全国粳稻品种前3名。宁粳4号2012-2014年连续三年年推广面积超过500万亩。
纪秀林与江苏省生产力促进中心高层次人才与外国专家服务处对接成功
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